Der Kirchgemeinderat ist die Exekutive der Kirchgemeinde. Er setzt sich zusammen aus 7 Mitgliedern der Kirchgemeinde Murten und dem Vize-Präsidenten des Kirchgemeinderates von Münchenwiler. Die Pfarrpersonen sind ebenfalls Mitglied des Kirchgemeinderates mit beratender Stimme, sie haben gemeinsam ein Stimmrecht.